Un programme de surveillance des aéroports du CDC a trouvé les premiers cas américains connus de sous-variantes d'Omicron.

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Les voyageurs éligibles pourraient se porter volontaires pour fournir un écouvillon nasal auto-récupéré à l’aéroport. Des écouvillons de cinq à 25 voyageurs – du même vol ou du même pays – ont été ajoutés à un seul tube, puis testés pour le virus à l’aide de tests PCR. Les échantillons positifs ont ensuite été séquencés pour déterminer quelle version du virus était présente.

Entre le 29 septembre et le 23 janvier, 10% des 161 000 voyageurs éligibles se sont inscrits à l’étude et 1 454 groupes d’échantillons ont été testés pour le virus. Malgré l’exigence de tests avant vol, plus de 15% des pools étaient positifs.

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Ce taux de positivité relativement élevé peut indiquer que les voyageurs étaient au début de leurs infections – et avaient donc des charges virales trop faibles pour que certains tests puissent être détectés – lorsqu’ils ont passé leurs tests avant le départ, ou qu’ils ont contracté le virus entre les tests. et atterrir aux États-Unis, disent les chercheurs. Les gens peuvent également avoir soumis des résultats de test frauduleux.

Avant le 28 novembre, presque tous les pools d’échantillons positifs contenaient la variante Delta, ont découvert les chercheurs. (La seule exception était un échantillon positif dont la lignée génétique exacte n’a pas pu être déterminée.)

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Après cela, cependant, Omicron a rapidement dominé; du 28 novembre au 23 janvier, les deux tiers des échantillons positifs étaient Omicron. La plupart des échantillons d’Omicron étaient la sous-variante BA.1, qui était initialement la version la plus répandue dans le monde. BA.1 reste la lignée la plus courante aux États-Unis, bien que BA.2 ait gagné du terrain et représente désormais 35% des infections, selon les estimations du CDC.

Mais les chercheurs ont trouvé la sous-variante BA.3 dans un pool d’échantillons prélevés sur des voyageurs arrivant d’Afrique du Sud le 3 décembre. Ils ont signalé la découverte dans GISAID, un référentiel international de génomes viraux, le 22 décembre. C’était le premier cas signalé de BA.3 aux États-Unis; il faudrait plus d’un mois avant que le prochain ne soit signalé.

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Le programme de l’aéroport a également détecté le premier cas américain connu de BA.2, dans des échantillons prélevés sur des voyageurs sud-africains le 14 décembre. Les chercheurs ont signalé la découverte une semaine avant que le prochain cas américain de BA.2 ne soit signalé.

“Il s’agit d’un nouvel outil de la boîte à outils du CDC qui fonctionne, et nous avons montré qu’il est efficace et qu’il peut être superposé à toutes nos autres mesures d’atténuation”, a déclaré le Dr Friedman.